Um mecanismo de química de duas fases para ribossoma catalisada formação da ligação peptídica.

Sobre este artigo

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•  O passo da síntese química da proteína natural, a formação da ligação peptídica, é catalisada pela subunidade grande do ribossoma. As estruturas cristalinas têm mostrado que o local activo para a formação da ligação peptídica é composta inteiramente de RNA ¹ . Trabalhos recentes tem-se centrado sobre a forma como um sítio de RNA activo é capaz de catalisar esta reacção biológica fundamental a uma velocidade adequada para a síntese de proteína. Com base na ausência de grupos funcionais importantes ribossomais ² , a falta de uma dependência de pH ³ , ea contribuição dominante da entropia de catálise ⁴ , tem sido sugerido que o papel do ribossoma está limitado a trazer os substratos utilizados em estreita proximidade . Alternativamente, a importância do 2'-hidroxilo do RNA de transferência de peptidil- ⁵ e um coeficiente de Bronsted próximo de zero ⁶ foram tomadas como evidência de que o ribossoma coordena uma rede de protões de transferência. Aqui relatamos o estado de transição da formação de ligação peptídica, com base na análise do efeito isotópico cinético menos cinco posições dentro do centro de reação de um RNA de transferência de peptidil-imitar. Os nossos resultados indicam que, em contraste com a reacção uncatalysed, a formação da transferência intermediário tetraédrico e protão a partir do azoto nucleofílica tanto ocorrer no passo limitante da taxa. Ao contrário de propostas anteriores, a reacção não é totalmente concertada, em vez disso, o colapso do intermediário tetraédrico ocorre num passo separado rápido. Isto sugere que, para além de posicionamento do substrato, o ribossoma está a contribuir para a catálise química por alterar a taxa de limitador de estado de transição.

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